伊斯兰教在唐代传入中国后，其名称经历了演变的过程。起初称“麦斯吉德”，随着伊斯兰教在中国传播，以及与中国文化的结合，各种按照中国人理解而产生的称谓层出不穷。如“礼堂”“礼拜堂”“礼拜寺”“清教寺”“真教寺”等。
明洪武元年(1368年)，敕建金陵礼拜寺时，朱元璋御书《百字赞》：“降邪归一，教名清真，穆罕默德，至贵圣人……”北京东四清真寺于明正统十二至十三年(1447－1448)建成，皇帝赐匾额为“清真寺”。此后，“清真”一词逐渐被伊斯兰教界普遍接受。
“清真”一词，在汉语中原作清洁、自然、质朴解，曾被社会广泛使用。唐宋时期不少文人墨客乐于以“清真”来形容人、物。例如，唐代姚合《寄石书院僧》诗有“不行门外地，斋戒得清真”句，刘春虚《寄防关》诗有“深林度空夜，烟月资清真”句，李白有“韩生信英彦，裴子含清真”和“右军本清真”、“垂衣贵清真”的诗句。宋代陆游《园中赏梅》诗有“阅尽千葩百卉春，此花风味独清真”句。道教曾以“清真”命名其寺院，称“清真观”。
中国伊斯兰教借用“清真”一词后，将其本来之意附加伊斯兰教教义作出解释。明末清初伊斯兰教大学者王岱舆在其著作中作出权威解释：“纯洁无染谓之清，诚一不二谓之真。”又说：“吾教自生民以来，不拜像，灭诸邪，故谓之清；独尊一，无二主，故谓之真。”
此后，“清真”成为伊斯兰教的专用词，人们把伊斯兰教礼拜场所称为“清真寺”，把表白信仰的作证词(万物非主，唯有真主，穆罕默德，真主使者)称为“清真言”，把符合伊斯兰教规定、可供穆斯林食用的食品称为“清真食品”，把售卖清真食品的店面称为“清真餐馆”。
当然，凡事都不是绝对的。当今中国，仍有一些清真寺称为“礼拜寺”，如牛街清真寺匾额仍沿用宋代敕赐的“礼拜寺”名。